แต่ต่อมาพระปรีชากลการถูกกล่าวหาในข้อหาว่า "ฆ่าคนตายและทารุณกรรม แก่คนไทยที่เมืองกบินทร์บุรี" จึงถูกจับมาล่ามโซ่ตรวนไว้ที่กรมทิมดาบ มร. น็อกซ์ ผู้เป็นพ่อตา ซึ่งเป็นกงสุลอังกฤษประจำประเทศไทย จึงเข้ามาขู่กับสมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ (ช่วง บุนนาค) ผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์และสมุหพระกลาโหม ให้ปล่อยลูกเขยของตนเสีย มิฉะนั้นจะจับผู้สำเร็จราชการไปขังไว้ในเรือรบอังกฤษและให้ปืนเรืออังกฤษระดมยิงพระนคร ทั้งยังจะฟ้องรัฐบาลอังกฤษในเรื่องนี้ด้วย"[13] ด้วย มร. น็อกซ์ รู้ดีว่าสมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์อยู่เบื้องหลังคดีนี้ สมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ซึ่งถูกกดดันด้วยเหตุผลทางการเมือง จึงใช้เป็นข้ออ้างในการเร่งรัดคดีให้สิ้นสุดเร็วที่สุด ส่วน มร.น็อกซ์ ก็ทำตามคำขู่ที่กล่าวไว้คือ นำเรือรบที่ชื่อ Foxhound เข้ามาในวันที่ 12 เมษายน พ.ศ. 2422 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงปรึกษาหารือกับขุนนางผู้ใหญ่ ในที่สุดเห็นพ้องว่า จะจัดส่งทูตออกไปชี้แจงข้อเท็จจริงต่อรัฐบาลอังกฤษ ในระหว่างที่เหตุการณ์เริ่มบานปลาย สมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ก็ได้ทูลแนะนำว่าให้เอาเรื่องการเมืองและการละเมิดอำนาจแผ่นดินเป็นประเด็นหลัก ส่วนเรื่องทุจริตเป็นประเด็นรอง และยังกราบบังคมทูลให้ทรงใช้มาตรการเด็ดขาดโดยเร็ว[6]

เป็นที่น่าสังเกตว่า สมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ (ช่วง บุนนาค) ได้เร่งรัดให้มีการประหารชีวิต แม้ว่าการสอบสวนจะยังไม่เสร็จสิ้นลง [14] ทั้งคณะผู้ตัดสินไม่ยอมให้พระปรีขากลการประกันตัวออกมาสู้คดี รวมทั้งไม่ให้เบิกความพยานฝ่ายจำเลย ความขัดแย้งระหว่างตระกูลบุนนาคและอมาตยกุลที่มีมาแต่ก่อน จึงอาจเป็นสาเหตุที่แท้จริงของเหตุการณ์ครั้งนี้ [15] สำหรับความขัดแย้งระหว่าง 2 ตระกูล มี 4 ประเด็นหลัก คือ

1. ความขัดแย้งในการทักท้วงการซ่อมแซมวัดพระเชตุพน เมื่อครั้งพระยากระสาปนกิจโกศล (โหมด อมาตยกุล) ผู้เป็นบิดา เริ่มรับราชการในสมัยรัชกาลที่ 3 ด้วยความที่ท่านมีความสนใจในด้านวิชาช่าง ค่อนข้างเป็นคนหัวก้าวหน้า และมีนิสัยตรงไปตรงมา ท่านได้ทักท้วงการซ่อมแซมอุโบสถวัดพระเชตพน ซึ่งอยู่ในความดูแลของพระยาศรีพิพัฒน์โกษาธิบดี (ทัศ บุนนาค) ว่า การดำเนินการดังกล่าวนั้นไม่ถูกต้องและอาจพังถล่มลงมาได้ แต่พระยาศรีพิพัฒน์โกษาธิบดี (ทัศ บุนนาค) นั้นไม่เชื่อ การก่อสร้างจึงดำเนินต่อไป จนในที่สุดกำแพงได้ถล่มทับคนงานที่ก่อสร้างอยู่ในขณะนั้น รัชกาลที่ 3 ได้ยกย่องพระยากระสาปนกิจโกศล (โหมด อมาตยกุล) ว่า เป็นผู้มีความสามารถมากกว่าผู้ใหญ่บางคน จึงทำให้ตระกูลบุนนาคเสียหน้า และเป็นจุดเริ่มต้นของความขัดแย้งระหว่างตระกูลบุนนาคและอมาตยกุล
2. ประเด็นทางการเมือง ด้วยการเมืองในขณะนั้นแบ่งออกเป็นฝ่ายต่าง ๆ ฝ่าย 1 คือ วังหลวงหรือรัชกาลที่ 5 ฝ่าย 1 คือ วังหน้า กรมพระราชวังบวรวิชัยชาญ และฝ่าย 1 คือ สมเด็จเจ้าพระยาฯ โดยในขณะนั้นรัชกาลที่ 5 เพิ่งเสด็จเถลิงถวัลยราชสมบัติและยังทรงพระเยาว์ อำนาจทางการเมืองจึงอยู่ในมือของสมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ (ช่วง บุนนาค) ในฐานะผู้สำเร็จราชการ ในขณะนั้น วังหลวงมีเพียงพระบรมวงศานุวงศ์และข้าราชการรุ่นหนุ่ม ที่มีหัวคิดทันสมัย ซึ่งทรงโปรดใช้สอย โดยหนึ่งในจำนวนนั้นมีพระปรีชากลการรวมอยู่ด้วย เมื่อแต่ละฝ่ายต่างก็พยายามชิงอำนาจซึ่งกันและกัน จึงทำให้เกิดการแข่งขันเพื่อชิงความได้เปรียบทางการเมือง มร. น็อกซ์ได้บันทึกไว้อย่างน่าสนใจว่า " เห็นว่าความเรื่องพระปรีชานี้ ได้ชำระโดยเร่งร้อน เห็นบางคนจะมีในเกาวเมนไทย นี่ยังไม่ทันเห็นความผิดของพระปรีขาแม้แต่น้อย .." [16]
3. การพิจารณาคดีพระยาอาหารบริรักษ์(นุช) ซึ่งเป็นญาติสนิทของสมเด็จเจ้าพระยาฯ โดยคดีนี้ พระยากระสาปนกิจโกศล (โหมด อมาตยกุล) และพระยาเจริญราชไมตรี และหลวงพิจารณ์จักรกิจหรือในเวลาต่อมาคือพระยาเพชรพิชัย น้องชายของพระปรีชากลการ ทั้ง 3 ท่านซึ่งเป็นคนในตระกูลอมาตยกุลได้รับโปรดเกล้าฯ ให้เป็นตุลาการชำระคดีความการทุจริต จนในที่สุดก็ได้ตัดสินโทษพระยาอาหารบริรักษ์(นุช) ซึ่งประกอบด้วย ประหารชีวิต เฆี่ยน และริบราชบาทว์ ด้วยเหตุการณ์ดังกล่าวนี้ได้ทำให้ความขัดแย้งระหว่างตระกูลทวีความรุนแรงขึ้น อย่างไรก็ตาม ด้วยอิทธิพลของสมเด็จเจ้าพระยาฯ ที่มีสูงมากในเวลานั้น ทำให้โทษประหารของพระยาอาหารบริรักษ์(นุช) เหลือจำคุกตลอดชีวิต
4. การสมรสกับแฟนนี่ นอกซ์ ด้วยความที่ แฟนนี่ นอกซ์ เป็นลูกสาวของมร. น็อกซ์ กงศุลอังกฤษซึ่งมีอิทธิพลมาก เนื่องจากอินเดียและพม่า ได้เสียเอกราชแก่อังกฤษ จึงทำให้ผู้มีอำนาจของสยามต้องการได้นางไปเป็นภรรยา ซึ่งก็อยู่ในความคาดหวังของสมเด็จเจ้าพระยาฯ ที่จะให้แต่งงานกับลูกชายคนหนึ่งของท่านด้วยเช่นกัน ความรักของแฟนนี่และพระปรีชากลการจึงดำเนินไป ท่ามกลางความขัดแย้งแตกแยกของกลุ่มอำนาจ

พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงตระหนักพระทัยถึงเรื่องนี้เป็นอย่างดี ดังจะเห็นได้จากลายพระราชหัตถเลขา ที่ทรงพระราชทานถึงสมเด็จกรมพระยาปวเรศวริยาลงกรณ์ ทรงเล่าถึงเรื่องความคิดอ่านของนายน็อกซ์และสมเด็จเจ้าพระยาฯ ไว้ว่า

“..มีผู้ที่ควรจะเชื่อได้ ทราบความมาว่าเขากะสมเด็จเจ้าพระยาฯ เป็นแน่ว่าหม่อมฉันคงจะตายในเร็วๆ นี้เป็นแน่ ด้วยผอมนัก วังหน้าคงได้เป็นเจ้าแผ่นดิน ถ้าวังหน้าไค้เป็นเจ้าแผ่นดินแล้ว เหมือนกับลูกเขาๆ สงสารจะต้องอุปถัมภ์ช่วยว่าการงานทุกอย่าง ลูกเขานั้นคนใหญ่ที่ไปเรียนหนังสือเมืองนอกคนเดียวเขาจะให้เป็นฝรั่ง แต่ลูกนอกนั้นตามแต่ภรรยาเขาจะให้มีผัวไทยก็ตาม สมเด็จเจ้าพระยาฯ พลอยเห็นจริงด้วย ได้บอกมอบฝากบ้านเมืองถ้าสิ้นท่านแล้ว วังหน้าจะเป็นเจ้าแผ่นดิน ให้เขาช่วยทะนุบำรุงบ้านเมือง และฝากบุตรหลานของท่านด้วยเถิด การเป็นดังนี้สมกับคำที่สมเด็จเจ้าพระยาฯ พูดอยู่เสมอว่า หม่อมฉันคงตายในปีนี้ๆ หลายปีมาแล้วว่า วังหน้าคงมาเป็นเจ้า คำนี้ท่านพูดอยู่ดังๆ กับบุตรหลานนั้นก็ให้มา ฝากตัวอยู่ที่กงสุลอังกฤษจริง เป็นการสมกับที่คำพูด แต่คำที่ฝ่ายภรรยามิสเตอร์น็อกซ์กงสุลพูดนั้นว่า ถ้าวังหน้าเป็นเจ้าแล้ว ลูกสาวจะเป็นสมเด็จพระนาง ผัวจะเป็นผู้สำเร็จราชการแผ่นดิน ถ้ามีหลานจะให้เป็นเจ้าแผ่นดินต่อไปด้วย…”

ก่อนที่จะเกิดการสมรสนั้น เมื่อครั้งมีงานพระราชพิธีฉลองพระราชวังบางปะอินพ.ศ. 2421 พระปรีชากลการได้พาแฟนนี่นั่งเรือส่วนตัวไปในงานฉลองและค้างแรมด้วยกันบนเรือ แม้จะมีบ่าวไพร่อยู่บนเรือด้วยกัน หลายคนและทั้งคู่ก็มีได้อยู่ร่วมห้องกันก็ตาม การประพฤติปฏิบัติเช่นนี้ถือเป็นความเสียหายร้ายแรง เพราะฝายหนึ่งคือข้าราชการในพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว อีกฝ่ายหนึ่งคือลูกสาวกงสุลใหญ่ ซึ่งถือเป็นการหยามเกียรติ นำความเสื่อมเสียมาสู่ประเทศชาติ และยิ่งเมื่อพระปรีชากลการได้พาแฟนนี่กลับกรุงเทพฯ ในขณะที่งานฉลองพระราชวังบางปะอินยังไม่เสร็จสิ้นโดยมิได้กราบบังคมทูลลาหรือกราบทูลให้ทรงทราบ

ครั้นกลับถึงกรุงเทพฯ แล้ว เหตุการณ์ต่างๆได้บีบคั้นให้ทั้งสองต้องเข้าคู่พิธีสมรส โดยมิได้ขอพระราชทานพระบรมราชานุญาต ตามขนบประเพณีแห่งราชสำนัก ทั้งนี้เพื่อแก้ปัญหาการหมิ่นเกียรติยศกงสุลในการที่พาธิดาสาวไปค้างแรมทำให้เกิดความเสียหายและข้อครหา ซึ่งเป็นการทำผิดซ้ำแล้วซ้ำเล่าของหนุ่มสาวทั้งคู่ เพราะนอกจากจะผิดประเพณีอันจะทำให้เกิดความเข้าใจผิดกับกงสุลของประเทศที่มีอำนาจเช่นอังกฤษแล้ว ยังเป็นการหมิ่นพระบรมเดชานุภาพ ฐานที่เป็นข้าราชการในพระองค์ แต่ทำการต่างๆ ตามอำเภอใจ มิได้กราบบังคมทูลให้ทรงทราบ โดยเฉพาะเรื่องการแต่งงานที่คู่สมรสเป็นลูกครึ่งต่างชาติ มีบิดาที่สามารถให้ผลได้ผลเสียแก่บ้านเมือง จึงถือเป็นการละเมิดอำนาจแผ่นดินอย่างร้ายแรงอย่างไม่เคยมีผู้ใดประพฤติ ปฏิบัติเยี่ยงนี้มาก่อนดังปรากฏในลายพระราชหัตถเลขาทรงปรึกษา เรื่องนื้กับเจ้าพระยาสุรวงศ์ไวยวัฒน์ และเจ้าพระยาภาณุวงศ์มหาโกษาธิบดี ความว่า

“..ด้วยฉันได้ทราบการจากเจ้าคุณสมเด็จเจ้าพระยาฯ เรื่องซึ่งจะแต่งงานกันเป็นการตกลงกันแล้วทุกอย่างนั้น การอย่างนี้ไม่เคยมีมาแต่ก่อน ขอให้ท่านเสนาบดีตริตรองปรึกษาในการเรื่องนี้ให้เห็นการดีร้ายได้เสียต่อไปข้างหน้า อย่างไรจะรักษาเกียรติยศและอำนาจ แผ่นดินไว้อย่าให้เสื่อมทรามได้ ถ้าขอให้ปรึกษาให้เห็นพร้อมกันแล้วให้เรียนปรึกษาสมเด็จเจ้าพระยาฯ เมื่อเห็นพร้อมกันประการใด ขอให้บอกให้ฉันทราบด้วย…”

เมื่อทั้งสองแต่งงานกันแล้ว ก็ได้พากันไปอยู่ที่จังหวัดปราจีนบุรี ซึ่งพระปรีชากลการมีหน้าที่ควบคุมการขุดทองส่งเมืองหลวง ทิ้งปัญหาไว้ข้างหลัง ซึ่งแต่ละคนแต่ละฝ่ายจะได้รับผลกระทบของปัญหาแตกต่างกัน สำหรับพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงไม่พอพระทัยในการที่ ข้าราชการที่ทรงให้ความไว้วางพระราชหฤทัยไปแต่งงานกับสตรีซึ่งอยู่คนละกลุ่มอำนาจ มิหนำซ้ำยังเป็นกลุ่มอำนาจที่คิดปองร้ายต่อพระองค์ และแผ่นดินไทย ถึงขั้นมีแผนจะแบ่งแผ่นดินไทยออกเป็นสองส่วน เพื่อให้วังหลวงและวังหน้าปกครององค์ละส่วน ซึ่งโดยอำนาจและสิทธิหน้าที่ในฐานะประมุขของชาติ ทรงต้องพยายามแก้ปัญหานี้อย่างนุ่มนวลและแนบเนียน อีกทั้งพระองค์ยังถูกกดดันจากสมเด็จเจ้าพระยาฯ ที่จะให้เกิดการประหารขึ้นอีกด้วย

ในส่วนผู้สำเร็จราชการแผ่นดินก็ย่อมจะต้องไม่พอใจในการแต่งงานของหนุ่มสาวคู่นี้เช่นกัน เพราะนอกจากจะไม่เป็นไปตามความประสงค์ ที่จะให้แฟนนี่แต่งงานกับบุตรชายคนหนึ่งของท่าน เพื่อผูกพันสายสัมพันธ์ระหว่างสกุลบุนนาค วังหน้า และกงสุลอังกฤษให้แนบแน่นเป็นหนึ่งเดียวกันยิ่งขึ้น แต่เหตุการณ์ที่เกิดขึ้นนั้น นอกจากจะไม่เป็นไปดังประสงค์แล้ว แฟนนี่ยังไปแต่งงานกับพระปรีชากลการที่อยู่คนละกลุ่มอำนาจ

แม้สมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์จะคืนอำนาจการบริหารแผ่นดินให้พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวไปแล้ว แต่วาสนาบารมีของท่านก็ยังเต็มเปี่ยมในฐานะผู้ใหญ่ของแผ่นดิน สมเด็จเจ้าพระยาฯ จึงกราบบังคมทูลแนะนำเรื่องการลงโทษพระปรีชากลการ โดยอ้างเรื่องการเสื่อมเสียพระเกียรติยศเป็นสำคัญ ความว่า

“…ข้าพระพุทธเจ้าเห็นว่าจะนิ่งเฉยเสียมิได้ จะเสียพระเกียรติยศ และอาญาแผ่นดินจะเสื่อมทรามไป ถ้าจะเอาความปลายขั้นว่า เป็นเหตุที่ทำบ่อทองของหลวงเบิกเงินไปใช้ก็มาก เดี๋ยวก็ไปเป็นเขยขุนนางต่างประเทศแล้วจะต้องชำระบาญชีเลิกถอนผลัดเปลี่ยนเสียดังนี้…”

พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงรู้เท่าทันการเมืองเกมนี้เป็นอย่างดี ดังที่ทรงมิพระราชหัตถเลขาตอบสมเด็จเจ้าพระยาฯ ความว่า

“…ตัวฉันเป็นเจ้าแผ่นดิน ก็คิดตั้งใจจะรักษาอำนาจแลเกียรติยศแผ่นดินให้ดำรงคงที่ยืนยาวสืบไป เพราะอำนาจแลเกียรติยศแผ่นดินเป็นเครื่องประคองรักษาความยุติธรรมทั้งปวงให้ยั่งยืนอยู่ได้ ผู้ใดทำลายล้างเกียรติยศและอำนาจอาญาแผ่นดิน ซึ่งฉันจะประคับประคองทำนุบำรุงก็เหมือนหนึ่งไม่รักแผ่นดิน การสิ่งใดซึ่งจะจัดไปเพื่อจะรักษาอำนาจและเกียรติยศแผ่นดินให้ยั่งยืนมั่นคงได้แล้ว ฉันมิได้คิดขัดขวางอยากให้การนั้นสำเร็จทุกอย่าง ขออย่าให้เจ้าคุณมีความระแวงสงสัยในตัวฉันประการใดประการหนึ่ง ด้วยฉันไม่ได้รักสิ่งไรมากกว่าแผ่นดิน…”แม้จะได้รับการยืนยันจากพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้า เจ้าอยู่หัวดังนี้แล้ว สมเด็จเจ้าพระยาฯ ก็ยังไม่วายที่จะตอกย้ำต่อไปว่า “..ธรรมดาเป็นผู้ครอบครอง ถ้าเห็นว่าการสิ่งใดจะเป็นเสี้ยนหนามขึ้นในอาณาก็ต้องรักษาอย่าให้กำเริบลุยลายได้..”

จากพระราชหัตถเลขาและหนังสือโต้ตอบระหว่างพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวและสมเด็จเจ้าพระยาฯ ก็พอจะเห็นได้ถึงความยุ่งยากในพระทัยในการสั่งจับกุมดำเนินคดีกับพระปรีชากลการ เมื่อวันที่ 28 มีนาคม พ.ศ. 2421

ในระหว่างการดำเนินคดีนั้น พระปรีชากลการได้ถูกคุมขังจำตรวนอยู่ที่หลังทิมดาบ กระทรวงวัง และยังคิดแต่เพียงว่าโทษลงอาญาโบย 30 ที ที่ได้รับจากพระราชโองการนั้น เกิดจากความกริ้วของพระเจ้าอยู่หัวที่ทรงมีต่อข้าราชสำนักที่ทรงโปรด และเข้าใจว่าโทษโบยนั้นสาสมกับความผิดของตน และคงจะทำให้ทรงคลายพระพิโรธลงได้ ดังจดหมายที่พระปรีชาฯ เขียนถึงแฟนนี่ผู้เป็นภรรยาว่า

“… ด้วยตัวฉันเป็นคนไทย ในหลวงกริ้วลงพระราชอาญาเฆี่ยน แล้วก็จะค่อยคลายกริ้วลงทุกที อย่าให้แม่แฟนวุ่นวายไป ธรรมเนียมไทยกับธรรมเนียมฝรั่งไม่เหมือนกัน จะเอาเหมือนธรรมเนียมฝรั่งไม่ได้ จะพาฉันมีความผิด ฉันเห็นใจแล้วว่าแม่แฟนรักฉันมาก ถ้าอ้อนวอนในหลวงฤๅสมเด็จเจ้าพระยาฯ เห็นจะได้ออกเร็ว…”

แต่ทั้งพระปรีชาฯและแฟนนี่หารู้ไม่ว่า เรื่องราวที่เกิดขึ้นนั้น ได้ถูกกระพือโหมให้กลายเป็นความขัดแย้งระดับชาติไปแล้ว ทั้งนี้เพราะมร. น็อกซ์ ซึ่งมีความประสงค์จะช่วยเหลือพระปรีขากลการ ซึ่งมิได้ทำความผิด มร. น็อกซ์ได้พยายามเจรจากับสมเด็จเจ้าพระยาฯ และขอเข้าเฝ้ากราบทูลขอพระราชทานอภัยต่อพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวแต่ไม่เป็นผล เพราะคดีนี้มิใช่ความผิดธรรมดาแต่กลายเป็นเรื่องการประลองกำลังระหว่างขั้วอำนาจทั้งสอง มร. น็อกซ์ซึ่งหมดหนทางที่จะช่วยจึงขู่จะนำเรือปืนอังกฤษเข้ามาปิดปากอ่าวไทย ซึ่งเท่ากับเป็นการก่อให้เกิดวิกฤตการณ์ระหว่างประเทศ การขู่เช่นนี้แทนที่จะได้ผลดีกลับกลายเป็นเรื่องราวใหญ่โต ซึ่งพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวทรงต้องรีบแกัไขเหตุการณ์โดยด่วน ด้วยการส่งคณะทูตพิเศษมีพระยาภาสกรวงศ์ (พร บุนนาค) เป็นหัวหน้านำเรื่องราวความเป็นจริงไปชี้แจงให้รัฐบาลอังกฤษเข้าใจ

เรื่องการพิจารณาคดีก็ยังคงดำเนินต่อไป ได้มีการขยายผลกว้างขวางอันเนื่องมาแต่ได้มีราษฎรร้องเรียนกล่าวโทษพระปรีชากลการเพิ่มขึ้นอีกหลายประการ มีทั้งการแสวงหาประโยชน์ให้ตนเองและพวกพ้อง การกดขี่ทารุณทำร้ายราษฎรและอื่นๆ อีกถึง 27 เรื่อง ข้อหาที่พระปรีชาฯ ได้รับคือ

1.เบิกเงินมาหลายหมื่นชั่ง แต่ได้ทองถวายเพียงไม่กี่ลิ่ม

2.ท่าการทารุณเลขหัวเมืองที่เกณฑ์ให้ตัดฟันตอในน้ำซึ่งกีดขวางทางเดินเรือบรรทุกทอง โดยใช้ง่ามถ่อค้ำคอคนที่ดำลงไปตัดตอจนขาดใจตาย และทำการทารุณกรรมแก่ราษฎรอย่างร้ายแรงหลายประการ

3.แล่นเรือตัดหน้าฉานขณะที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว เสด็จประทับ ณ พระราชวังบางปะอิน

4.แต่งงานกับคนต่างประเทศโดยไม่ขอพระบรมราชานุญาต ในส่วนสมเด็จเจ้าพระยาฯ ได้สรุปความผิดของพระปรีชากลการ ไว้ว่า

“..การหลวงที่ไม่ได้อยู่ช่วย ทูลลาก็ไม่ทูล…ดูถูกในหลวงมาก พระปรีชามิได้คำนับผู้ใหญ่ในตระกูลฝ่ายหญิงและฝ่ายไทย มิได้กราบทูลในหลวง เป็นการหมิ่นประมาท…”

คดีพระปรีชากลการเป็นคดีที่ทุกคนจับตามองอย่างจดจ่อถึงผลการตัดสิน เพราะรู้อยู่ว่ามิใช่คดีความผิดธรรมดา เรื่องนี้มร. น็อกซ์ ได้รายงานไปยัง ลอร์ด ซอลส์เบอรี่ รัฐมนตรีต่างประเทศของอังกฤษในขณะนั้นว่า

“… พระปรีชาฯ เป็นที่โปรดปรานของรัชกาลที่ 5 มาก อาจจะโปรดมากที่สุดก็ว่าได้ เพราะฉะนั้นรัชกาลที่ 5 ทรงลงโทษพระปรีชากลการด้วยความฝืนพระทัย เนื่องจากทรงทราบว่าการกระทำของสมเด็จเจ้าพระยาฯ เป็นการทำลายข้าราชบริพารฝ่ายพระองค์…”

เมื่อพิจารณาถึงคดีความต่าง ๆ ที่พระปรีชากลการได้รับนั้น คำให้การของพยานฝ่ายโจทก์เองก็มีความขัดแย้งกัน จนไม่อาจสรุปได้ว่า พระปรีชากลการมีความผิด การเร่งเร้าให้ประหารชีวิตแม้ว่าการสอบสวนคดียังไม่สิ้นสุดนั้น จึงเชื่อได้ว่าสาเหตุของการประหารที่แท้จริงนั้น เกิดจากความขัดแย้งระหว่าง 2 ตระกูลเป็นสำคัญ

จดหมายเหตุโหรของจมื่นก่งศิลป์ บันทึกเรื่องการประหารชีวิต พระปรีชากลการไว้ว่า

“…วันเสาร์ขึ้น 9 ค่ำ เดือนอ้าย จ.ศ.1241 วันที่ 2 พฤศจิกายน พ.ศ. 2422 เพลา 11 ทุ่ม เอานายสำอางลงเรือไฟไปเมือง ประจิม วันจันทร์ขึ้น 11 ค่ำ เดือนอ้าย (วันที่ 28 พฤศจิกายน) ถึง เมืองประจิม เพลาเช้า 4 โมง เพลาบ่าย 4 โมง สำเร็จโทษนายสำอาง…”

ในตอนท้ายสุดของชีวิตนั่นเองที่พระปรีชากลการได้แสดงถึง ความเข้าใจถึงสาเหตุที่ต้องถูกตัดสินประหารชีวิต ดังที่รองอำมาตย์โทหลวงบำรุงรัฐนิกร ได้บันทึกไว้เป็นความทรงจำเกี่ยวกับเหตุการณ์ ก่อนประหารชีวิตพระปรีชากลการ ความว่า

“…พระปรีชาฯ เอาผ้าขึ้นเช็ดหน้า แล้วทิ้งลงดิน พูดออกมา อย่างน่าสงสารว่า โบสถ์สร้างขึ้นยังไม่ทันแล้ว เพราะได้เมียฝรั่ง ตัวจึงตาย…”

จากคำพูดนี้ แสดงให้เห็นว่าพระปรีชากลการทราบสาเหตของการประหารเป็นอย่างดีว่า เกิดจากการแต่งงานกับแฟนนี่น็อกซ์ การต้องรับโทษทัณฑ์ไม่ได้เกิดจากการแต่งงานกับชาวต่างประเทศโดยไม่ได้ขออนุญาตเท่านั้น แต่ตัวท่านทราบดีว่าได้ทำให้ฝ่ายสมเด็จเจ้าพระยาฯ ไม่อาจเกี่ยวดองกับอังกฤษผ่านการแต่งงานได้อีกต่อไป ดังนั้น จึงทำให้สมเด็จเจ้าพระยาฯ ซึ่งมีอำนาจสูงมากไม่พอใจ ขณะที่รัชกาลที่ 5 ที่ยังทรงพระขมน์ชีพไม่มากนัก ไม่อาจคัดค้านได้ พระปรีชากลการจึงถูกประหาร

ส่วนมร. น็อกซ์ถูกเรียกตัวกลับอังกฤษ และได้พาครอบครัวเดินทางออกจากสยาม เมื่อวันที่ 26 พฤศจิกายน แต่แฟนนี่ได้พาบุตรชายที่เกิดจากพระปรีชากลการ คือ สแปนเชอร์ หรือ จำรัส และบุตรชายหญิงของพระปรีชากลการ ซึ่งเกิดจากคุณลม้ายภรรยาที่เสียชีวิตไปแล้วคือ ตระกูลและอรุณ เดินทางไปด้วย เมื่อเวลาผ่านไปเมื่อตระกูลและอรุณ เติบโตขึ้นจึงได้เดินทางกลับสู่สยาม และเข้ารับราชการเป็นล่ามในพระราชสำนักฝ่ายใน ส่วนจำรัสเสียชีวิตในวัยหนุ่มอายุเพียง 21 ปี

หลังจากพระปรีชากลการเสียชีวิตลง ประชาชนชาวจังหวัดจังหวัดปราจีนบุรีได้พร้อมใจกันสร้างศาลเจ้าพ่อสำอางเพื่อแสดงความรำลึกถึงคุณงามความดีของท่าน ซึ่งตั้งอยู่ด้านข้างของอุโบสถในวัดหลวงปรีชากูล โดยวัดนี้พระปรีชากลการได้ริเริ่มสร้างขึ้น [17] [18]เมื่อเวลาผ่านไปศาลได้ชำรุดทรุดโทรมลง ชาวเมืองจึงได้สร้างศาลใหม่ขึ้นบริเวณด้านหน้าของสถานีตำรวจภูธรจังหวัดปราจีนบุรี นอกจากนี้ จังหวัดปราจีนบุรียังได้จัดแสดงละครประกอบแสงสีเสียง ซึ่งล่าสุดจัดขึ้นเมื่อวันที่ 27 พฤษภาคม 2561 โดยได้รับเกียรติจากนายอำเภอ และคลังจังหวัด รับบทเป็นพระปรีชากลการ และภรรยา ตามลำดับ [19]